Der Naturraum im Naturpark Obere Donau ist sehr vielfältig. Unterschiedlichste Lebensräume wie Felsen, Wacholderheiden und Fließgewässer kommen direkt nebeneinander vor. Viele von ihnen beherbergen seltene und gefährdete Tier- und Pflanzenarten. Deshalb finden sich im Naturpark auch verschiedene Schutzgebiete, die die Lebensräume und die biologische Vielfalt auf Dauer erhalten wollen. Das Naturschutzzentrum ist für die Betreuung von Naturschutzgebieten und Biotopen zuständig.